Позвоночник у пресмыкающихся всегда окостеневает и ясно расчленяется на позвонки, число которых у различных представителей этого отряда весьма различно: от 30 у некоторых черепах до 400 и даже более у змей. Столь же неопределенно число ребер, которые всегда бывают хорошо развиты, у змей – лучше всех из позвоночных животных.
При этом у змей и у некоторых других пресмыкающихся ребра обладают большой подвижностью, между тем как у черепах они срастаются со спинным щитом.
Грудная кость и плечевой пояс отсутствуют только у змей.
Вооружение рта не менее разнообразно. У черепах нет зубов, но их челюсти покрыты острыми роговыми пластинками. У других пресмыкающихся, наоборот, зубы хорошо развиты и сидят не только на челюстях, но также на других костях, окружающих пасть. По большей части зубы эти приспособлены только к схватыванию добычи и ее удержанию, а не к разжевыванию. Зубы или сидят в ячейках и прикреплены плотной сухожильной тканью, или срастаются с костями, на которых они сидят; правильной смены зубов не бывает, но они непрерывно возобновляются по мере изнашивания старых. Наиболее совершенный зубной аппарат, у ядовитых змей, будет описан дальше.
Из органов полости рта наибольшего внимания заслуживает язык. У крокодилов он имеет вид плоского возвышения, прирос ко дну ротовой полости и совершенно неподвижен; у черепах он также мало подвижен, короток, толст, мясист. У некоторых ящериц, наоборот, язык очень подвижен и у многих способен выбрасываться, у змей очень удлинен и раздвоен на конце. Пищевод у всех очень растяжим и незаметно переходит в объемистый желудок, продолжающийся дальше кишкой. Печень, желчный пузырь, селезенка и поджелудочная железа бывают у всех пресмыкающихся.