Существуют слюнные железы, а у змей, кроме того, бывают ядовитые железы, представляющие из себя видоизменение слюнных.

Почки обыкновенно очень велики, и протоки их открываются в клоаку, куда открываются также и выводные каналы половых желез.

Органы дыхания у всех пресмыкающихся являются в форме легких, которые представляют перепончатые мешки, по большей части цельные, но у некоторых легкие состоят из системы трубочек с легочными пузырьками на концах.

У змей развито только правое легкое.

Сердце состоит из четырех камер: двух вполне разделенных предсердий и двух желудочков, перегородка между которыми почти у всех неполная, так что венозная кровь отчасти смешивается с артериальной. Потребность в дыхании у пресмыкающихся в значительной степени ограничена, и они могут довольствоваться количеством кислорода, гораздо меньшим, нежели выше организованные животные, как, напр., птицы и млекопитающие. Движение крови в сосудах у пресмыкающихся происходит медленно, все другие жизненные процессы совершаются вяло, а вследствие этого температура тела лишь на несколько градусов выше температуры окружающей среды. Отсюда происходит название пресмыкающихся – холоднокровные животные, но правильнее было бы их назвать животными с изменяющейся температурой крови.

Устройство мозга у пресмыкающихся гораздо менее совершенно, чем у млекопитающих и птиц, но, с другой стороны, оно сложнее, чем у рыб и земноводных. В головном мозге ясно различаются три части: передний, средний и задний мозг и обособляется слой коркового вещества, аммоновы рога и мозговой свод. Но еще более головного развит спинной мозг, который в теле вообще имеет преобладающее значение.