Если создание 7 федеральных округов, на которые была поделена Россия, не вызвала особого противодействия со стороны региональных и местных властей, то предложенная В. Путиным реформа Совета Федерации стала на длительное время темой острых разногласий. Суть президентской инициативы состояла в том, чтобы полностью изменить порядок формирования Совета Федерации: вместо губернаторов и глав региональных законодательных собраний «сенаторские» места было рекомендовано заполнять выборными представителями от субъектов Федерации. По такой схеме избираются сенаторы в США и большинстве других стран, называющих себя демократическими. В. Путину очень хотелось ослабить потенциал Совета Федерации, кастрировать его как центр политической силы в государстве, который на последнем этапе администрации Б. Ельцина оказал прямое сопротивление самоуправству президента. У всех была жива в памяти история противостояния между Б. Ельциным и Советом Федерации из-за судьбы Генерального прокурора Юрия Скуратова, будоражившая Россию в течение весны и лета 1999 года.
Случилось так, что Ю.Скуратов, назначенный на свою должность в 1995 году, вошел в конфликт с не терпевшим никаких возражений Б. Ельциным по вопросам борьбы с коррупцией в стране. Президент запретил ему касаться этой больной темы, но Генеральный прокурор продолжал досаждать ему своими докладами. Наконец Б.Ельцин не выдержал и предложил ему подать в отставку с 1 февраля 1999 года под предлогом пошатнувшегося здоровья. Ю. Скуратов написал соответствующее прошение и был отправлен «на лечение».