Несколько депутатов Государственной думы признавались журналистам, что на них оказывалось давление с целью заставить голосовать против президентских инициатив. Критики было много со всех сторон, но «сенаторы» так и не решились вступить в открытый конфликт с президентом. Они не поставили вопрос об отзыве всего пакета законодательных инициатив, а пошли по пути формулирования поправок, что само по себе означало победу главы государства.

За права губернаторов вступился тогда влиятельный Борис Абрамович Березовский, который обратился с открытым письмом к В. Путину, назвав его предложения недемократическими, неадекватными поставленным задачам, вносящими «неразрешимые противоречия и хаос в юридические основы конституционного правопорядка». «Крестный отец русской мафии», как называли Березовского в США, вдруг выступил в защиту демократии! Действия Березовского были понятны: многие губернаторы были его креатурами, он формировал движение «Единство» (нынешняя «Единая Россия») по заказу Кремля… и теперь все рушилось!

Для того, чтобы окончательно сломить сопротивление губернаторов, администрация президента организовала утечку в прессу информации о том, что, дескать, готовится законопроект о лишении губернаторов права неприкосновенности. Тогдашний представитель президента в Государственной думе Александр Котенков открыто угрожал им, что если они будут лишены неприкосновенности, то 16 человек из них завтра же предстанут перед судом. Никто не знал, на кого уже накоплены компрометирующие материалы ддя передачи в суды, но каждый чувствовал себя в душе виновным.

В ходе затяжных закулисных переговоров между Кремлем и губернаторами В. Путин пошел на ряд уступок. Он согласился, чтобы новых «сенаторов» (по два от каждого субъекта федерации) не выбирало население, а назначали — одного сам лично губернатор, а второго региональное законодательное собрание. Они же получали право отзывать своих «сенаторов», если те не справлялись с решением порученных им задач.