После короткой стоянки в Копенгагене продолжили плавание. В проливе Скаггерак на корабли обрушился невиданной силы шторм. Мужество и искусство матросов и офицеров в первом серьезном испытании привели в восторг Крузенштерна. Он проникся уверенностью, что с такой командой задуманное предприятие должно быть успешным. После шторма "Надежда" дала сильную течь и в Фапъмуте ее пришлось конопатить.

Атлантика встретила приветливо.

Свежий попутный ветер быстро мчал корабли к Канарским островам. На острове Тенерифе запаслись свежими продуктами и водой. Через месяц после выхода с Канарских островов русские мореплаватели впервые пересекли экватор. Ю. Ф. Лисянский так описывает это событие: "Поелику еще ни один Российский корабль, кроме "Невы" и "Надежды" не проходил экватор, то желая отметить сей столь редкий случай, приказал на каждую артель зажарить по две утки, сделать по пудингу и сварить свежий суп с картофелем, тыквою и прочею зеленью, которая у нас велась от самого Тенерифа, прибавя к сему по бутылке портеру на каждых трех человек. Поднят был военный флаг, производилась пальба из всех пушек".

Впервые 26 ноября 1803 года русские моряки отметили праздник Нептуна.

Более двух месяцев продолжалось плавание через Атлантический океан.

В декабре достигли берегов Бразилии и встали на якорь у острова Св. Екатерины. Крузенштерн не намерен был здесь долго задерживаться, но вскоре стало известно, что фоки гротмачта на "Неве" пришли негодность. На замену мачт и оснастки ушло более шести недель. Впереди лежал самый тяжелый участок пути.

Плавание вокруг мыса Горн не без оснований в то время считалось опасным. Постоянные туманы и штормы сопровождали мореплавателей. Чтобы не потерять друг друга из виду, палили из пушек, жгли на палубах огни. 3 марта обошли мыс Горн, пользовавшийся у моряков дурной славой.