С 1894 г. Вебер — профессор в университете во Фрайбурге, с 1896 г. — в Гейдельберге. Однако через два года тяжелое душевное расстройство заставило его отказаться от преподавания, и он вернулся к нему только в 1919 г.

С 1904 г. Вебер (вместе с Вернером Зомбартом) становится редактором немецкого социологического журнала «Архив социальной науки и социальной политики», в котором выходят наиболее важные его произведения, в том числе ставшее всемирно известным исследование «Протестантская этика и дух капитализма» (1905). Этим исследованием начинается серия публикаций Вебера по социологии религии, которой он занимался вплоть до своей смерти. Одновременно Вебер размышлял над проблемами логики и методологии социальных наук: с 1903 по 1905 г. публикуется серия его статей под общим названием «Рошер и Книс и логические проблемы исторической политэкономии», в 1904 г. — статья «„Объективность“ социально-научного и социально-политического познания», в 1906 г. — «Критические исследования в области логики наук о культуре».

Круг интересов Вебера в этот период был необычайно широк: он занимался античной, средневековой и новоевропейской историей хозяйства, права, религии и даже искусства, размышлял над природой современного капитализма, его историей и его дальнейшей судьбой; изучал проблему капиталистической урбанизации и в связи с последней — историю античного и средневекового города; исследовал специфику современной ему науки в ее отличии от других исторических форм знания; живо интересовался политической ситуацией не только в Германии, но и за ее пределами, в том числе в Америке и в России (в 1906 г. опубликовал статьи «К положению буржуазной демократии в России» и «Переход России к мнимому конституционализму»).

С 1919 г. Вебер работал в Мюнхенском университете.