Владимир поехал жаловаться в Москву, куда вслед за ним прибыли и Бояре Псковские. Три дня Великий Князь не хотел их видеть; на четвертый выслушал извинения, простил и милостиво дозволил им выбрать себе Князя. Псковитяне избрали Князя Звенигородского, Ивана Александровича: Иоанн утвердил его в сем достоинстве и сделал еще более: прислал к ним войско, чтобы наказать Немцев за нарушение мира: ибо жители Дерпта посадили тогда наших купцев в темницу. Сия война, как обыкновенно, не имела важных следствий. Немцы с великим стыдом бежали от передового отряда Российского; а Псковитяне, имея у себя несколько пушек, осадили Нейгаузен и посредством Магистра Ливонского скоро заключили перемирие на девять лет, с условием, чтобы Епископ Дерптский, по древним грамотам, заплатил какую-то дань Великому Князю, не утесняя в сем городе ни жителей Русской слободы, ни церквей наших. Воевода Иоаннов, Князь Федор Юрьевич, возвратился в Москву, осыпанный благодарностию Псковитян и дарами, которые состояли в тридцати рублях для него и в пятидесяти для всех бывших с ним Бояр ратных.

Новогородцы не взяли участия в сей войне и даже явно доброжелательствовали Ордену: в досаду им Псковитяне отложились от их Архиепископа, хотели иметь своего особенного Святителя и просили о том Великого Князя. Еще Новгород находился в дружелюбных сношениях с Москвою и слушался ее Государя: благоразумный Иоанн ответствовал Псковитянам: «В деле столь важном я должен узнать мнение Митрополита и всех Русских Епископов. Вы и старшие братья ваши, Новогородцы, моя отчина, жалуетесь друг на друга; они требовали от меня Воеводы, чтобы смирить вас оружием: я не велел им мыслить о сем междоусобии, ни задерживать ваших Послов на пути ко мне; хочу тишины и мира; буду праведным судиею между вами». Сказав, совершил дело миротворца. Псковитяне возвратили церковные земли Архиепископу Ионе и взаимными клятвами подтвердили древний союз братский с Новогородцами. Чрез несколько лет Духовенство Псковское, будучи весьма недовольно правлением Ионы, обвиняемого в беспечности и корыстолюбии, хотело без его ведения решить все церковные дела по Номоканону и с согласия гражданских чиновников написало судную для себя грамоту; но Великий Князь вторично вступился за древние права Архиепископа: грамоту уничтожили, и все осталось, как было.