В апреле 1953 года по решению руководства страны произошла реорганизация Специальной службы. ГУСС было упразднено и его функции были переданы Восьмому управлению МВД СССР. Высшая школа криптографов перешла в подчинение этого Управления и стала называться Высшей школой 8-го Управления МВД. Сохранились без изменения штатное расписание и списки преподавательского и учебно-вспомогательного состав.

С образованием в 1954 году Комитета государственной безопасности при Совете Министров СССР в нем было создано Восьмое главное управление, которому были переданы функции Специальной службы. В подчинение этому Управлению перешла и Высшая школа, которая стала называться Высшей школой Восьмого главного управления КГБ.

Руководил Высшей школой Е. Ф. Баженов. 29 апреля 1954 года начальником Восьмого главного управления было утверждено новое «Положение о курсах усовершенствования офицерского состава частей Спецслужбы при Высшей школе 8-го Главного Управления». На Высшую школу дополнительно были возложены функции рабочего аппарата Научно-технического совета (НТС) Восьмого главного управления, подготовка научных кадров, научно-техническая информация, редакционно-издательская и библиотечная работа. Кроме того, на Высшую школу была возложена организация и проведение чекистской и языковой подготовки в Главном Управлении.

После упразднения подготовки криптографов на дневном отделении единственным местом подготовки криптографов осталось вечернее отделение.

В июне 1954 года Председатель КГБ Иван Серов утвердил новое «Положение о вечернем отделении Высшей школы 8-го Главного Управление по подготовке инженеров-криптографов». В этом Положении указывалось: «Вечернее отделение является отделением закрытого типа с 4-годичным сроком обучения и имеет целью подготовку криптографических кадров для работы в 8-м Главном Управлении».

Комплектование вечернего отделения производилось из числа сотрудников 8-го Главного Управления в возрасте до 40 лет, имеющих законченное среднее образование и опыт практической работы по специальности в дешифровальной с/1уж6е. Окончившим вечернее отделение присваивалась квалификация «инженера-криптографа» по специальности «ручные и машинные шифрсистемы».