Свое учение ессеи скрывали от непосвященных. Говоря об их идеологии, Иосиф Флавий уделил особое внимание их учению о душе. По его словам, они считали тело смертным, но признавали бессмертие души, верили в загробное воздаяние: души злых людей попадают в мрачную пещеру, где их ждут вечные муки, души же праведников оказываются в стране блаженства.

Ессеи кумранской общины верили в приход мессий, они были убеждены, что скоро состоится спасительный для верующих приход двух мессий (из царского рода Давида и из жреческого рода Аарона), а также пророка. Возможно, мессианскими функциями наделялась кумранитами и персона их «праведного учителя», бывшего основателем и руководителем секты и казненного в результате интриг «нечестивого жреца». Кумраниты истово верили в скорый конец света, «божий суд», на котором «сыны света» (как называли [15] себя кумранские общинники) будут очищены «святым духом» от всех «нечестивых дел», все же остальные люда будут истреблены. После этого счастливая «община нищих» будет наслаждаться «всеми благами земли».

В идеологических воззрениях кумранитов заметен значительный отход от официального иудаизма. Обнаруживается немало схожих черт с идеологией раннего христианства: ярко выраженное ожидание «конца света» и его сверхъестественное переустройство со спасением верой, учение о прирожденной греховности человечества, два «пути», отрицательное отношение к богатству, мессия из рода Давида и др. Но имеются и весьма важные различия. Например, христианство не знало трех мессианских персон, мессианизм в христианстве был связан с верой в искупление людских грехов, христианский мессия не считался происходящим из жреческого рода. Самое, пожалуй, существенное отличие состояло в том, что христиане верили в уже осуществившийся приход своего мессии — Иисуса.

Несомненно, учение, культ и организация общин ессеев оказали большое влияние на первоначальное христианство, хотя ессейство было замкнутым движением. Христианство же взяло курс на широкую пропаганду своего вероучения среди людей любой этнической и социальной принадлежности.