В его сочинении встречается немало преувеличений, неточностей, невероятных случаев, других сомнительных мест. Трудно поверить, например, в то, что крики из горящего храма в Иерусалиме были слышны в городах Переи или что пущенный из римской катапульты камень срывал человеку голову и отбрасывал ее на расстояние в три стадии (1800 шагов). Если Иосиф Флавий утверждает, что в Иерусалиме жило 1 100 000 горожан, то, по сведениям Тацита, их было почти вдвое меньше (600 000). Не следует доверять длинным речам героев его сочинения — Иосиф Флавий пользовался приемом, известным еще от Фукидида, когда составленная самим автором речь вкладывалась в уста героя произведения.

Главной задачей историка Иосиф Флавий считал «спасти от забвения то, что еще никем не написано, и сделать достоянием потомков события собственных времен». Весьма резко в своем предисловии к «Иудейской войне» он отзывался о тех современных ему историках, которые создавали свои труды как переработку сочинений прежних авторов, не внося при этом чего-либо нового, ранее неизвестного. Особое недовольство Иосифа Флавия вызывали труды греческих историков, которые, по его словам, избегали писать о важных современных им событиях, а снова и снова обращались к событиям далекой от них истории. Он не называет их имен, и трудно с достоверностью судить, кому именно адресовались его упреки. Возможно, они относились к Дионисию Галикарнасскому, чья «Римская археология», написанная в самом конце I в. до н. э., охватывала период римской истории с древнейших времен до первой Пунической войны. А может быть, Иосиф Флавий упрекал Диодора Сицилийского, который в своей «Исторической библиотеке» осветил историю ряда восточных стран (а это, по мнению автора «Иудейской войны», и так достаточно изложено древними историками), Греции и Рима до времен Цезаря, хотя был современником борьбы за власть не только Юлия Цезаря, но и Октавиана Августа.