Тем временем положение на фронте отнюдь не улучшалось. В сентябре-начале октября 1918 года под ударами красных окончательно развалился Волжский фронт. Остатки поволжской Народной армии с боями отходили на Бугульму (каппелевцы) и Бугуруслан (чехословаки) по линии Самаро-Златоустовской железной дороги. Весь октябрь прошел в кровопролитных арьергардных боях с наседавшими красными. Сопротивление чехословацких частей становилось все более слабым. Связь с уральскими и оренбургскими «белоказаками» (по терминологии большевицких фукидидов) была нарушена. Красные взяли Уральск и Оренбург, и теперь белым приходилось сражаться на два фронта — против красных войск, наступавших с Волги и из Туркестана.

Создалась реальная угроза захвата большевиками Уфы, и Директория была вынуждена 9 октября эвакуироваться в Омск. Когда же 11 ноября 1918 года в Сибирь пришли известия о прекращении Великой войны между Центральными державами и Антантой, удержать чехословаков на фронте оказалось долее невозможным, и легионеров отправили в тыл, на охрану Транссибирской железной дороги. Другие союзники русских белогвардейцев в Сибири — польские, сербские (югославянские) и румынские военные формирования, также сражались с большевиками достаточно вяло (кроме, разве что, поляков). Отныне антибольшевицкому Сопротивлению на Востоке России приходилось рассчитывать только на собственные силы.

Эвакуировавшись в Омск, Директория оказалась в плотном политическом окружении сибирских «областников». Принципиально важным становилось решение об образовании, взамен Директории, «Всероссийского Совета министров». По этому вопросу снова развернулись жаркие политические дебаты. Кандидатура каждого кандидата на министерскую должность подвергалась наитщательнейшему обсуждению. Эсеры, как обычно опасались «крена вправо», в то время как их политические противники не менее внимательно следили за тем, чтобы партийный состав правительства не «сдвинулся влево».