Утвержденный Директорией Совет министров (всего 14 министров) возглавил П.В. Вологодский (единственный член Директории, вошедший в состав нового исполнительного органа общероссийской власти). Военным и морским министром стал будущий Верховный Правитель России адмирал А.В. Колчак (оказавшись в Омске проездом с Дальнего Востока на Юг России, где он собирался возглавить белый Черноморский флот, Колчак, по личному настоянию генерала Болдырева и Авксентьева, остался в Сибири).

Особой Грамотой от 6 ноября 1918 года Директория ликвидировала все областные правительства и органы вышей представительной власти. Отныне на смену «областничеству» вновь приходила Всероссийская власть. А через две недели бывший Командующий Черноморским флотом, знаменитый исследователь Арктики, вице-адмирал Александр Васильевич Колчак стал Верховным Правителем России, олицетворением Белой Идеи, подлинным рыцарем Белой Борьбы и Белой России.

Образование антибольшевицкого Восточного фронта, создание Временного Всероссийского правительства и воссоздание Российской армии сделали необходимыми его имя и популярность именно здесь. В ночь на 18 ноября в Омске произошел военный переворот, выдвинувший Колчака на вершину всероссийской власти. Всероссийский Совет министров настоял на его провозглашении Верховным Правителем России и Верховным Главнокомандующим ее вооруженных сил. Одновременно А.В. Колчак был произведен в полные адмиралы. В феврале 1919 года наступили сильнейшие морозы. Боевые действия замерли на линии Пермь-Уфа-Оренбург-Уральск.

Удерживая наличными силами горные проходы через Урал, адмирал Колчак спешно начал формировать новые части. Остатки поволжской Народной армии были отведены в тыл на переформирование. На севере фронт держала наиболее подготовленная и многочисленная Сибирская армия под командованием произведенного в генералы бывшего офицера Чехословацкого легиона, Георгиевского кавалера Радолы Гайды (Рудольфа Гейделя).