От этого его, однако, уберегла некая болезнь, которую секретарь описывает как абсцесс под правым коленом. Другие называют это воспалением лимфатического узла на почве сифилиса. Кортес, поистратив свою энергию, теперь находился в колонии, где женщин его расы почти не было, так что его заболевание было практически неизбежным: говорили, что индианки чаще заражают своих любовников, чем испанки. Он выздоровел, вероятно, благодаря местному средству под названием гуайакан. Но даже самые серьезные последствия этой болезни едва ли могут объяснить загадку останков, эксгумированных в церкви при госпитале Иисуса в Мехико в 1947 году. Их описывают как останки горбатого карлика с неестественно узкой головой, маленьким прямым носом и ограниченной подвижностью правой руки. Поскольку это описание полностью совпадает с изображенным на фреске Диего Риверы чудовищем, напрашивается наиболее вероятное политическое объяснение: современная Мексика сделала все возможное для дискредитации Кортеса. И тело, и изображение на фреске выглядят, конечно, странно по сравнению с описанием Кортеса, которое дал Берналь Диас: «Он был хорошего роста и телосложения, с хорошими пропорциями и сильными конечностями… если бы его лицо было более длинным, он был бы красивее, а глаза его смотрели доброжелательно, но серьезно…» Единственным недостатком, очевидно, был шрам от ножевого ранения на нижней губе, полученный в одном из его любовных приключений.

Портрет молодого Кортеса кисти испанского художника XVII в заметно контрастирует с картиной мексиканского художника XX в Диего Риверы, где Кортес изображен уродливым, с алчным блеском в глазах ключений и прикрытый бородой, темной и редкой. Кортеса также описывали стройным, с высокой грудной клеткой, хорошей формой спины, но слегка кривоногим, что, без сомнения, объяснялось постоянной верховой ездой.

В 1509 году в Санто-Доминго в качестве губернатора Индий прибыл дон Диего Колумб, наконец установивший свой наследственный титул как сын и наследник человека, открывшего Новый Свет.