После смерти Годунова и гибели Лжедмитрия I царь Василий Шуйский произвел новое дознание по поводу самозванца. Его следователи имели одно важное преимущество перед Борисовыми. Они видели самозванца наяву. Новый царь опубликовал результаты расследования с большими подробностями, чем Борис. Его разъяснения при польском дворе отличались сдержанностью. Любые неточности могли быть легко опровергнуты в Кракове. Между тем самый вопрос о самозванце приобрел теперь государственное значение.

В инструкциях дипломатам Посольский приказ больше не скрывал факта службы Отрепьева у Романовых. На этот раз царские дьяки сообщили полякам даже больше, чем Патриаршая канцелярия. Юшка, писали они, «был в холопах у бояр у Микитиных детей Романовича и у князя Бориса Черкаскова и, заворовався, постригся в чернцы…». Точности ради дьяки должны были указать, что Отрепьев служил окольничему Михаилу и не имел отношения к Филарету и другим Никитичам, в то время вернувшимся в Москву. Заявления насчет связи самозванца со всей семьей Романовых имели политическую подоплеку. Едва приверженцы Шуйского выкрикнули на площади имя нового царя, как в боярской среде возник заговор. К нему примкнули Никитичи, не оставившие надежды занять трон. Тогда на их голову посыпались удары. Филарет Романов, которого нарекли в патриархи, лишился сана. Царская немилость обрушилась и на ближайших родственников Филарета — князей Черкасских.

В царских наказах Отрепьев назван боярским холопом. Можно ли верить этому? Юрий Отрепьев поступил на службу к Михаилу Романову как добровольный слуга. Однако царское уложение о холопах 1597 года предписывало всем господам в принудительном порядке составить кабальные грамоты на всех добровольных «холопов», прослуживших у них не менее полугода. Боярин Черкасский стоял в боярской иерархии значительно выше молодого окольничего Михаила Романова. Поэтому Юрий Отрепьев имел причины для перехода во двор к Черкасскому. Там он, возможно, и дал на себя кабальную запись.