После своей непродолжительной службы в качестве военного врача он отправился в Мангейм: ему пришлось оставить армию, так как его начальникам не понравилась постановка «Разбойников». Мангейм показался ему наиболее подходящим местом для предполагаемого изгнания, поскольку его пьесы ставились в городском театре. Но там правила бал «холодная лихорадка»: тысячи горожан заболевали малярией. Она поразила и молодого писателя. Вероятно, увидев, как режиссер его театра был насмерть залечен врачом, Шиллер постановил, что впредь сам будет за собой ухаживать. Фридрих прописал себе кремортартар (винный камень), супы на воде и кору хинного дерева, которую он ел как хлеб.

Его пищеварительная система была сильно ослаблена, и на выздоровление ушло гораздо больше времени, чем предполагалось. Его отец, бывший врач-травматолог, не мог прийти в себя от возмущения: «То, что он целых восемь месяцев провозился с малярией, не делает его образованию никакой чести. И, без всякого сомнения, если бы он взялся кого-то лечить, он довел бы пациента до худшего возможного состояния, поскольку и сам не придерживается предписанной диеты и режима».

В мае 1789 года Шиллер начал читать лекции в качестве профессора философии Йенского университета. Но вскоре после этого он был вынужден прекратить свою преподавательскую деятельность из-за заболевания дыхательных путей. Насморк и кашель преследовали его всю жизнь. Когда 22 февраля 1790 года Шиллер женился на Шарлотте фон Легенфельд, он заметил, что «его проблемы со здоровьем перекочуют и в брак». Ему стоило хорошо это запомнить. Уже в начале 1791 года, в возрасте тридцати двух лет во время пребывания в Эрфурте он пережил воспаление легких.