В какой-то момент в его страданиях образовалась пауза. Ответственный профессор приехал назад в Йену, чтобы продолжить свои университетские лекции. Но 13 января случилась катастрофа: Шиллер начал кашлять кровью и гноем, и чрезвычайно сильная лихорадка свалила его с ног. Среди студентов, дежуривших при нем, был юный Новалис — он умер несколько лет спустя от туберкулеза.

В этот раз Шиллер чувствовал себя так плохо, что самолечению предпочел вызов врача, который назначил кровопускания, вытяжной пластырь, а заодно и рвотные и слабительные средства. Тогда это были самые распространенные методы «вывода из тела вредоносных соков», но они могли еще больше ослабить истощенного пациента. Врач держался, однако, оптимистично: он полагал, что распознал у пациента «доброкачественный гной».

В мае 1791 года, после кратковременного улучшения, все вновь вернулось на круги своя. «Дышать было так тяжело, что я должен был при каждом вздохе прилагать заметное усилие, чтобы получить порцию воздуха, и каждый раз в легких будто разбивалась какая-то посудина», — отмечал Шиллер, и от «сильного лихорадочного озноба» у него случались брюшные конвульсии и судороги диафрагмы. «Мой страх перед легочным недугом [так в те времена называли туберкулез] становится все сильнее». В это время «Обердойче Алльгемайне Литературцайтунг» уже сообщила о его смерти, а в Дании проводились траурные мероприятия по случаю кончины поэта.

Настолько далеко дело не зашло. Однако Шиллер так и не выздоровел окончательно. Череда непрекращающихся болезней до того его изматывала, что он истолковывал свои страдания как наказание за брошенную врачебную деятельность: «Тяжело покарало меня искусство Гиппократа за мое отступничество. За то, что я не захотел принадлежать ему, когда был юношей, я стал его жертвой».

В 1794 году он стал близким другом Гёте, чего никогда не случилось, бы останься он военным врачом.