Последовавшее за этим вскрытие выполнял доктор Антоммарки, который теперь как патологоанатом был в своей стихии. При этом присутствовали другие врачи и различные генералы, у которых причины интереса к вскрытию были совершенно различны. Так, британцы стремились к тому, чтобы смерть Наполеона не была признана следствием жестоких условий содержания, тогда как французы, напротив, надеялись на подтверждение именно такого сценария. Таким образом, уже в процессе освидетельствования начались ожесточенные споры — ив итоге на свет появилось не менее пяти различных отчетов о вскрытии.

Официальный протокол был, конечно, британский, и в нем в качестве причины смерти значилась опухоль желудка. Это избавляло империю от ответственности, потому что в семье Бонапартов рак желудка был частым заболеванием.

Антоммарки, как фактического патологоанатома Наполеона, заставили подписать протокол. Корсиканец, заметивший сильно увеличенную печень Наполеона, что свидетельствовало об инфекционном заболевании, впоследствии от своей подписи отказался. По крайней мере в этот раз он хотел доказать приверженность своему Генералу и собственному призванию. Позже он написал: «Разве я мог не подписать британский документ? Я был врачом Наполеона, сделал вскрытие, и мне нужно было предоставить об этом отчет». Он составил собственный протокол, в котором печень ясно описана как «набухшая и имеющая размер больше нормального». Однако Антоммарки знал, что обнародовать такой документ едва ли будет возможно. Тогда он взял два образца тканей из кишечника трупа и законсервировал их. Окольными путями они были доставлены в лондонский музей медицины. Там в 1913 году — почти через сто лет после смерти Наполеона и во времена, когда Англия и Франция были уже близки к совместной войне с Германией, — эти образцы были исследованы под микроскопом.