Переход от Средневековья к Новому времени в Европе был ознаменован религиозными войнами и взрывом фанатизма. Параллельно шли войны европейских стран с Турцией на территории Центральной и Восточной Европы и война России против всех ее западных соседей. В XVI–XVII веках в восточной части Польши происходили массовые восстания, последнее из которых (Хмельничина) вылилось в крупную войну. В зонах боевых действий евреи бедствовали сильнее самих воюющих сторон и массово погибали.
Инквизиция усилила охоту на выкрестов из иудеев – «марранов». В XVI веке католическая церковь устроила кампанию по запрету Талмуда и уничтожению еврейских книг. После освобождения Нидерландов от Испанской империи (1648 г., Мюнстерский мир) там расцвела еврейская община, из среды которой вышел Барух Спиноза. После победы английской революции 1640 г. над монархией Тюдоров, по договоренности диктатора Кромвеля с главой амстердамской общины Менаше Бен-Исраэлем, началось восстановление еврейской общины – полулегально, под устные гарантии Кромвеля. После поражения английской революции и восстановления монархии Тюдоров евреям официально разрешено было вновь селиться в Англии.
В XVII веке появились еврейские общины в Южной и Северной Америке.
К середине XVII века началась эмансипация – поэтапное предоставление евреям равных с неевреями гражданских прав. Фактически эмансипация евреев в Западной Европе началась с Великой Французской революции. В 1791 году евреи Франции получили общие гражданские права. В Германии равноправие евреев было обещано в разных странах в годы национально-освободительного подъема 1812–1814 годов. Фактически же уравнение в правах немецких евреев завершилось в 1848–1862 годах. Германской конституцией 1871 года признано равноправие евреев. С 1858 года евреи допущены в английский парламент.
На начало XX века во всей Западной Европе (за исключением Румынии, где постановление Берлинского конгресса 1878 года о предоставлении равноправия евреям не было приведено в исполнение) и в Америке, куда в течение XIX века переселилось более одного миллиона евреев, евреи пользовались всеми гражданскими и политическими правами.