Основную часть урожая (более чем с тысячи десятин) удалось снять. Одновременно заготавливался лес для строительства укреплений и жилищ.

Уводя войска от Албазина, цинские воеводы тем не менее продолжали укреплять и улучшать коммуникации между Гирином и Айгунем и усиливать укрепленные лагеря на Амуре.

В начале июля 1686 г. вновь разгорелись тяжелые бои за Албазин. Осадная армия подошла к русской крепости по амурскому берегу и водным путем. Она насчитывала до 5 тыс. человек и располагала 40 пушками. Перед ней была поставлена задача взять Албазин и Нерчинск, после чего вернуться для зимовки в Албазин.

Гарнизон крепости, возглавляемый А. Л. Толбузиным, насчитывал 826 защитников. Он геройски оборонялся, предпринимая частые вылазки. На пятый день обороны был тяжело ранен и вскоре скончался Толбузин. Командование крепостью принял А. Бейтон. Албазин продолжал обороняться вплоть до декабря, и, хотя в составе гарнизона осталось всего 150 человек, крепость так и не была взята китайцами. Пятимесячная оборона Албазина, начавшаяся 7 июля 1686 г., по праву занимает почетное место в истории русской военной славы.

Трудности, с которыми столкнулось цинское правительство Китая в своих действиях в Приамурье, вынудили его пойти на установление дипломатических отношений с русским правительством. Официальное послание богдыхана об условиях мира прибыло в Москву 15 ноября 1685 г. Тем временем тревожные вести из Даурии и притязания Канси на Восточную Сибирь побудили русский царский двор принять соответствующие решения об обороне Забайкалья и Приамурья.

28 ноября 1685 г. был подписан царский указ о назначении Ф. А. Головина, известного русского дипломата того времени, боярина, великим и полномочным послом для ведения переговоров с маньчжурскими представителями на пограничном съезде. Русское правительство не собиралось поступаться дальневосточными землями. Головину вменялось в обязанность отстоять дальневосточные русские рубежи не только дипломатическим, но и военным путем. Для организации обороны ему фактически на правах наместника передавалась власть над огромной территорией Иркутского, Нерчинского, Албазинского уездов.