К моменту прибытия Головина (сентябрь 1687 г.) в Забайкалье фактически прояснился вопрос о новом выступлении Очирой Саин-хана против России. В январе 1688 г. халхаские конники одной группой двинулись на Селенгинск, другой — к Байкалу, чтобы перерезать дорогу, связывавшую эабайкальские отряды с Иркутском. В конце января 1688 г. около Удинска произошло столкновение с монгольскими войсками. Противник понес крупные потери и отказался от дальнейшего наступления к Байкалу. Селенгинский гарнизон находился в осаде 11 недель. В конце марта Головин, воспользовавшись удобным моментом, выслал из крепости конный отряд, который нанес монгольским войскам поражение и вынудил их уйти в пределы Северной Монголии.

Неудача войск Очирой Саин-хана изменила планы Капси. Не отказываясь от достижения поставленных целей, маньчжурскпй двор решил пока воздержаться от выступления, но агрессивные акции против русских поселений не прекращались.

Однако обстановка на Дальнем Востоке к осени 1688 г. складывалась для России более благоприятно. Нападения отрядов Очирой Саин-хана на Забайкалье и маньчжур на Албазин и Нерчинск были сорваны русскими войсками.

Вплоть до августа следующего года между Россией и цинским правительством велись посольские переговоры об урегулировании отношений. 3 июня 1689 г. китайское посольство отправилось в Нерчинск. Его сопровождал отряд маньчжурских войск. В этот день посольство и отряд подошли по Амуру к Албазину. 1 июля они уже вошли в пределы Нерчинского уезда.

В начале августа 1689 г. положение в Нерчинске осложнилось. События показали, что маньчжурский двор во что бы то ни стало хотел добиться аннексии сибирских территорий России. К Нерчинску, где велись двусторонние переговоры, китайское правительство подвело большое войско, численность которого была не менее 10 тыс. человек, а по подсчетам некоторых историков — до 15–17 тыс.