Ближайшим помощником П. И. Ягужинского, обер-прокурором Сената, стал Григорий Григорьевич Скорняков-Писарев, выдвинувшийся из среды гвардейских офицеров.

Основное внимание в своей прокурорской деятельности Ягужинский сосредоточил на контроле за повседневной работой Сената, за правильностью и законностью разрешения дел, их своевременным прохождением, порядком в Сенате и т. п. Коллегиальные решения были еще чужды сознанию самолюбивых сановников, которые не привыкли считаться с чужим мнением и уважать его, поэтому в Сенатском собрании зачастую возникали ссоры, крики, брань, а иногда и драки. В связи с этим Ягужинский вынужден был даже написать особое «предложение» Сенату, в котором просил Сенаторов воздержаться от ссор и споров, «ибо прежде всего это неприлично для такого учреждения, как Сенат».

П. И. Ягужинский довольно быстро занял ключевые позиции в государственных делах, играя по существу роль второго лица в империи после Петра I. По выражению русского историка В. О. Ключевского, генерал-прокурор становится «маховым колесом всего управления». Императора вполне удовлетворяла активная деятельность П. И. Ягужинского, и он во всем поддерживал его. Петр I не раз говорил своим приближенным: «Что осмотрит Павел, так верно, как будто я сам видел». 7 мая 1724 года, в день коронации императрицы Екатерины Алексеевны, П. И. Ягужинский был удостоен ордена Св. Андрея Первозванного.

Петр I, всегда жестоко преследовавший сановников за взяточничество и воровство, часто поручал генерал-прокурору Ягужинскому ведение розыска, то есть следствия по делам. В частности, он расследовал дело обер-фискала Нестерова, который был изобличен во взяточничестве и казнен.