Когда дело касалось интересов закона, Ягужинский не боялся противостоять даже членам царской фамилии. Об этом свидетельствует такой случай. Один из служителей царицы Прасковьи Федоровны, вдовы царя Ивана Алексеевича (брата Петра I), Деревнин как-то раз поднял и припрятал у себя оброненное фаворитом царицы Юшковым письмо. Эта пропажа очень обеспокоила царицу, так как письмо было написано ею. Вскоре Деревнин попал под подозрение и его взяли в Тайную канцелярию, где подвергли допросам. Деревнин присвоение письма отрицал, и дело продвигалось медленно, что явно не устраивало царицу. Она решила лично учинить допрос провинившемуся и однажды вечером под видом раздачи милостыни арестантам вместе со своими слугами заявилась в Тайную канцелярию. Там она подвергла колодника Деревнина самым изощренным пыткам и истязаниям. Царица самолично била его палкой, а ее слуги в это время жгли Деревнина свечами. После этого ему облили голову «крепкой водкой» и подожгли. Караульщики едва смогли сбить пламя с колодника. Боясь ответственности за содеянное царицей, которая к тому же и не думала униматься, дежурный офицер сообщил о происшествии обер-прокурору Скорнякову-Писареву, но тот отказался вмешиваться. Тогда офицер разыскал генерал-прокурора Ягужинского. Последний немедленно приехал в Тайную канцелярию. Он отобрал у царицы арестованного и велел направить его под караулом в свой дом. На требования царицы отдать ей Деревнина Ягужинский сказал: «Что хорошего, государыня, что изволишь ездить ночью по приказам. Без именного указа отдать невозможно».

В соответствии с утвержденной Петром I должностью Ягужинский обязан был «смотреть над всеми прокурорами», сидящими в коллегиях и надворных суда х, «дабы они в своем звании истинно и ревностно поступали», а все их «доношения» предлагать Сенату и «инсигновать», чтобы «по ним исполнено было».

Никаких особых личных требований для службы в прокуратуре в то время не устанавливалось. Велено было избирать их «из всяких чинов», но только лучших.