Взлет самолета осуществлялся с помощью катапульты при полном ходу лодки на ветер, а после выполнения задания гидросамолет поднимался на борт подъемным краном. Для экономии времени запуска самолета его заправка топливом и подогретым маслом осуществлялась еще под водой, а сразу же после всплытия самолет устанавливался на тележку катапульты для старта.

Эксперименты с подводным авианосцем М-2 продолжались до 26 января

1932 года, когда при одном из учебных погружений он затонул на глубине 30 м недалеко от Портсмута. Некоторые специалисты связывают гибель М-2 с оригинальной конструкцией его самолетного ангара. Чтобы не снижать и без того невысокую остойчивость субмарины установкой на верхней палубе прочного тяжелого ангара, толстые стенки которого могли бы выдерживать давление воды до предельной глубины погружения (ангар «тяжелого» типа), конструкторы разработали для М-2 ангар «легкого» типа с тонкой оболочкой — чтобы ее не смяло давлением воды в подводном положении, ангар автоматически поддавливался изнутри сжатым воздухом. При всплытии избыточное давление стравливалось через специальный клапан в крыше ангара.

Хотя такая конструкция и позволила сохранить остойчивость лодки в допустимых пределах, но была более сложна и, соответственно, менее надежна, что и продемонстрировала гибель М-2.