Фома Аквинский (1227-1274) обосновал необходимость смертной казни для еретиков: ересь-де большее преступление, чем даже оскорбление государя. Лицемерно заявляя о нежелательности проливать кровь осуждённых, Фома Аквинский рекомендовал заживо сжигать еретиков, и такой способ расправы с ними надолго вошёл в практику инквизиции. Начиная со второй половины XIII в., инквизиционные костры запылали во многих европейских странах. Зажгли их и в России. Участь еретиков здесь разделили чародеи, ведьмы и другие ослушники православной церкви.

В России еретиков судили по «градскому» закону, но это — по словам историка Н. М. Карамзина - было лишь одной «пристойностью»⁸. Хотя православная церковь не располагала таким инквизиционным аппаратом, какой имела католическая церковь, но в борьбе с ересями, прикрывавшими, как и на Западе, движёние против феодального гнёта, она применяла настоящие инквизиционные методы расправы — розыск и допрос под пытками и другие способы «познания истины». Она вёла часто весь судебный процесс, добиваясь угодного ей приговора и наказания. Православная церковь посылала на костры еретиков и ослушников собственной властью, светская же власть была лишь исполнительницей ее требований и приговоров. Один из основателей православной инквизиции Иосиф Волоцкий провозгласил, что царь, не желавший бороться против ересей, не слуга божий, а дьявол.

Свою инквизиторскую деятельность православная церковь осуществляла через судебные органы, находившиеся в распоряжёнии епархиальных архиереев, через патриарший суд и церковные соборы. Она располагала и специальными органами, созданными для расследования дел против религии и церкви - Приказом духовных дел, Приказом инквизиторских дел, Раскольнической и Новокрещёнской конторами и др.