В духовном приказе рассматривались дела о богохульстве, еретичестве, волшебстве, святотатстве. Дела против веры и церкви вёло также организованное при Синоде в 1721 г. тиунское управление. Приказ духовных дел наблюдал за «чистотой» православия, расправлялся с раскольниками и еретиками. Приказ инквизиторских дел вёл следствие по делам «интересным» и «безгласным». Он имел большой штат инквизиторов как в Москве, так и на местах; возглавлял его протоинквизитор, архимандрит московского Данилова монастыря Пафнутий. В распоряжёнии Приказа инквизиторских дел были свои подьячие, своя охрана и собственная тюрьма. Настоящим инквизиторским застенком являлась и Раскольническая контора, существовавшая до 1764 г. С организацией духовных консисторий (1744 г.) дела о религиозных преступлениях перешли в их ведёние. Консистории производили розыск по делам против веры и церкви, сажали в свои тюрьмы обвиняемых, чинили над ними суд и расправу. Наиболее важные дела вёл непосредственно Синод. Он применял такие же инквизиционные методы воздействия, как и другие церковные организации. Монастырские власти вёли следствие над неугодными правительству и церкви людьми, держали их в жестоком тюремном заключёнии.

По настоянию церкви делами о преступлениях против церкви и религии занимались и светские следственные органы - Сыскной приказ, Тайная канцелярия, Преображёнский приказ и др. Сюда поступали дела от церковных властей в тех случаях, когда в «изъяснение подлинной правды» требовалось подвергнуть обвиняемых пыткам. И здесь духовное ведомство продолжало наблюдать за ведёнием следствия, получало допросные листы и «экстракты». Оно ревниво оберегало свои судебные права, не допуская их умаления со стороны светских властей. Если светский суд не проявлял достаточной оперативности или отказывался пытать обвиняемых, посланных церковниками, те жаловались на ослушников светским властям. По настоянию духовных властей правительство неоднократно подтверждало, что местные власти обязаны по требованию епархиальных иерархов принимать направленных ими людей «для полного розыска».