Его оппозиционность укрепилась после призыва в армию. В 1983 году он считал, что в стране сложился диктаторский государственно-капиталистический режим, который может быть свергнут демократической социалистической революцией. По взглядам он был близок к идеям Владимира Ленина, изложенным в работе «Государство и революция». Идеи этого периода оценивались им позднее как антигосударственные, но и антианархические. В армии Исаев и его сослуживцы создали небольшой кружок, занимавшийся нелегальной пропагандой. Офицеры догадывались о его существовании и даже нашли секретную тетрадь с иносказательными записями оппозиционного содержания, но дальше устных обвинений в троцкизме дело не пошло
В качестве легальной трибуны кружок использовал комсомольскую организацию, которая в результате стала действовать как профсоюзная, отстаивавшая права солдат.
Вспоминает А. Исаев: «Мы служили в роте охраны. Дедовщины там не было, но была эксплуатация всей роты как таковой. Через день ходили то в караул, то на стройку. „Офицер“ очень „рвал“ перед начальством – ему что-то обещали за досрочную сдачу объекта. Выспаться не давали. Поэтому солдаты засыпали прямо на стройке, падали, опаздывали везде. И все это трактовалось как нарушения, а комсомольскую организацию заставляли выносить взыскания. Я был в бюро ВЛКСМ. И тогда комсомольское собрание, признав нарушение воинской дисциплины у очередного проштрафившегося, вынесло „частное определение“ в адрес командования части о том, что солдатские нарушения являются следствием нарушения устава офицерами. Это вызвало свирепую реакцию, мы некоторое время вообще не могли собрать комсомольское собрание. Активность свою нам пришлось свернуть, но и командование посылки на стройку прекратило»
После возвращения из армии Исаев под влиянием Кузнецова на некоторое время увлекся Плехановым (не в ущерб авторитету Ленина).