Одновременно он размышлял над проблемой бюрократизации рабочего движения, когда реальная власть от имени рабочих переходит в руки вождей. Исаев считал необходимым периодическое свержение вождей в пролетарской партии. Но как избежать при этом расколов и распада организации? Ответ пришел с неожиданной стороны – обучаясь на историческом факультете, Исаев взялся готовить доклад о Сергее Нечаеве и задел тему бакунизма. Первое же знакомство с работами Михаила Бакунина показало, что этот теоретик решал как раз те проблемы, которые стояли перед Исаевым. По мере изучения бакунинских работ (начиная с фрагментов «Государственности и анархии», опубликованных в сборнике «Утопический социализм в России», и кончая собранием сочинений, выпущенным анархистами в 20-е годы) Исаев все яснее осознавал себя бакунистом. Первое время это не мешало ему считать себя также марксистом и ленинцем.

Возвращение Андрея Исаева спровоцировало острую дискуссию в ОК ВРМП, которая велась вокруг вопроса: «Могут ли рабочие контролировать государственный центр в социалистическом обществе будущего?»

Андрей Исаев привлек к спору в ОК ВРМП меня. Прежде ни в каких оппозиционных группах я не участвовал и представлял собой тип потенциального академического ученого. Мои однокурсники – участники ОК ВРМП первоначально не верили в возможность привлечения такого «научного червя» к оппозиционной активности. Однако научные поиски в это время как раз сделали из меня оппозиционера-одиночку, который жадно искал «братьев по разуму». Еще в школьные годы (в 1981—1982 годах) я пришел к некоторым крамольным выводам.

Из дневника А. Шубина, июнь 1982 года: «Мы очень недалеко поднялись от того фундамента, который заложили Маркс, Энгельс и Ленин. А время идет, и старый фундамент начинает кое-где давать трещины…»

Пытаясь рационально переосмыслить наследие классиков, превратить историю в точную науку, способную не только интерпретировать, но и прогнозировать события, я все в большей степени расходился с догматами официальной идеологии. Этому способствовали унаследованная от старших неприязнь к сталинизму, служба в армии, интерес к формационной теории, который очень быстро вывел меня на проблему бюрократии при социализме. Тогда же начались мои теологические поиски.