В 386 году святой Иоанн был хиротонисан епископом Антиохийским Флавианом во пресвитера. На него возложили обязанность проповедовать Слово Божие. Святой Иоанн оказался блестящим проповедником, и за редкий дар Боговдохновенного слова получил от паствы наименование «Златоуст». Двенадцать лет святой, при стечении народа, обычно дважды в неделю, а иногда ежедневно, проповедовал в храме, потрясая сердца слушателей.
В пастырской ревности о наилучшем усвоении христианами Священного Писания святой Иоанн обратился к герменевтике — науке о толковании Слова Божия. Он написал толкования на многие книги Священного Писания (Бытия, Псалтирь, Евангелия от Матфея и Иоанна, Послания апостола Павла) и множество бесед на отдельные библейские тексты, а также поучения на праздники, в похвалу святых и слова апологетические (против аномеев, иудействующих и язычников). Святой Иоанн как пресвитер ревностно исполнял заповедь попечения о бедных: при нем Антиохийская Церковь питала каждый день до 3000 дев и вдовиц, не считая заключенных, странников и больных. Слава замечательного пастыря и проповедника росла.
В 397 году, после кончины Константинопольского архиепископа Нектария, святой Иоанн Златоуст был вызвав из Антиохии для доставления на Константинопольскую кафедру. В столице святой архипастырь не мог проповедовать так часто, как в Антиохии. Множество дел ожидало решения святителя, он начал с главного — с духовного совершенствования священства.