И здесь лучшим примером был он сам. Средства, которые предназначались для архиепископа, святой обратил на содержание нескольких больниц и двух гостиниц для паломников. Архипастырь довольствовался скудной пищей, отказывался от приглашения на обеды. Ревность святителя к утверждению христианской веры распространялась не только на жителей Константинополя, но и на Фракию, включая славян и готов, Малую Азию и Понтийскую область. Им был поставлен епископ для Церкви Боспора, находившейся в Крыму. Святой Иоанн направлял ревностных миссионеров в Финикию, Персию, к скифам, писал послания в Сирию, чтобы вернуть Церкви маркионитов, и добился этого. Много трудов положил святитель на устроение благолепного Богослужения: составил чин Литургии, ввел антифонное пение за всенощным бдением, написал несколько молитв чина елеосвящения. Распущенность столичных нравов, особенно императорского двора, нашла в лице святителя нелицеприятного обличителя.

Когда императрица Евдоксия, жена императора Аркадия (395-408), распорядилась о конфискации собственности у вдовы и детей опального вельможи, святой встал на их защиту. Гордая императрица не уступила и затаила гнев на архипастыря. Ненависть Евдоксии к святителю разгорелась с новой силой, когда недоброжелатели сказали ей, будто святитель в своем поучении о суетных женщинах имел в виду ее. Суд, составленный из иерархов, справедливо обличаемых ранее Златоустом, постановил низложить святого Иоанна и за оскорбление императрицы предать казни. Император Аркадий заменил казнь изгнанием. У храма толпился возбужденный народ, решивший защищать своего пастыря. Святитель, чтобы избежать волнений, сам отдал себя в руки властей. Той же ночью в Константинополе произошло землетрясение. Испуганная Евдоксия просила императора срочно вернуть святого и немедля послала письмо изгнанному пастырю, умоляя его вернуться. Но уже через два месяца новый донос пробудил гнев Евдоксии. В марте 404 года состоялся неправедный собор, постановивший изгнать святого Иоанна. По удалении его из столицы, пожар обратил в пепел здание сената, последовали опустошительные набеги варваров, а в октябре 404 года умерла Евдоксия. Даже язычники видели в этих событиях Небесное наказание за неправедное осуждение угодника Божия.