Находясь в Армении, святитель Иоанн старался укрепить своих духовных чад. В многочисленных письмах (их сохранилось 245) епископам Азии, Африки, Европы и своим друзьям в Константинополе, он утешал страдающих, наставлял и поддерживал своих приверженцев. Зимой 406 года святой был болезнью прикован к постели. Но враги его не унимались. Из столицы пришел приказ перевести его в глухой Питнус (Пицунду, в Абхазии). Истощенный болезнями святитель, в сопровождении конвоя, три месяца в дождь и зной совершал свой последний переход. В Команах силы оставили его. У склепа святого Василиска (+ ок. 308, память 22 мая), утешенный явлением мученика («Не унывай, брат Иоанн! Завтра мы будем вместе»), причастившись Святых Таин, вселенский святитель со словами «Слава Богу за все!» отошел ко Господу.

Святитель Иоанн Златоуст скончался 14 сентября 407 года, но, ради праздника Воздвижения Животворящего Креста Господня, память святителя перенесена на 13 ноября. 27 января совершается память перенесения святых мощей святителя Иоанна Златоуста из Коман в Константинополь и 30 января - празднование Собору трех Вселенских Учителей и Святителей.

Святитель Иоанн Златоуст был погребен в Команах. В 438 году Прокл, Патриарх Константинопольский (434-447), совершая Богослужение в храме святой Софии, произнес похвальное слово памяти своего великого учителя, в котором сравнивал святителя Иоанна Златоуста со святым Иоанном, Предтечей Господним, проповедовавшим покаяние и также пострадавшим за обличение пороков. Народ, горевший любовью к святителю Иоанну Златоусту, не дав Патриарху докончить своего слова, начал единодушно просить его обратиться к императору с просьбой о перенесении святых мощей святителя из Коман в Константинополь.