На первых порах СССР хотел только одного, чтобы прибалтийские правительства согласились на размещение советских войск. Это было нужно в интересах безопасности северо-западной части страны. В октябре 1939 года наши войска вошли в Прибалтику, и уже 25 ноября 1939 года нарком обороны К. Е. Ворошилов отдает приказ советским военным частям, находящимся в Эстонии: «Настроения и разговоры о „советизации“, если бы они имели место среди военнослужащих, нужно в корне ликвидировать и впредь пресекать самым беспощадным образом, ибо они на руку только врагам Советского Союза и Эстонии… Всех лиц, мнящих себя левыми и сверхлевыми и пытающихся в какой-либо форме вмешиваться во внутренние дела Эстонской республики, рассматривать как играющих на руку антисоветским провокаторам и злейшим врагам социализма и строжайше наказывать».

Маршал К. А. Мерецков, бывший в то время командующим Ленинградского военного округа, вспоминает об одном показательном инциденте. Ему понадобилось построить укрепления на одном из участков эстонской земли. Он взял разрешение у эстонского правительства, а также получил согласие местного помещика, на чьей территории планировалось строить укрепления. Но инициативу Мерецкова категорически не одобрили в Москве, и он подвергся резкой критике В. М. Молотова.

Указывая на эти факты, историк Ю. Н. Емельянов и объясняет перемены советской политики в сторону «ужесточения». К лету 1940 года изменилась сама геополитическая ситуация в Европе. Немцы в течение рекордно короткого срока подмяли под себя Данию, Норвегию, Голландию и Бельгию. Выяснилось, что маленькие государства не способны хоть как-то сдерживать напор немецкой военной машины. Кроме того, в Прибалтийских странах резко активизировались антисоветские элементы, которые стали готовить фашистский путч.