Этот орган, по словам его бессменного руководителя эсера профессора Н. Д. Миронова, имел своей целью «борьбу со шпионажем под политическим флагом и контрреволюционными попытками». Что же до необходимости создания такого учреждения, то она мотивировалась тем, что «чины военной контрразведки слишком мало были подготовлены для такой работы, не разбираясь в политических группировках, кроме того, при неопределенности политического положения часто не имели достаточной решительности»

Несмотря на то, что штат контрразведки Минюста не превышал 8 человек, деятельность этой организации вызвала колоссальное негодование. Объяснялось это очень просто: сотрудники отдела, по большей части не имевшие никакого опыта агентурной работы, регулярно выдвигали беспочвенные обвинения в шпионаже против представителей политической оппозиции. Так в разработке контрразведки Миронова находились дела социал-демократа А. Ф. Аладьина, черносотенцев В. М. Пуришкевича и В. С. Завойко (ординарца и политического советника генерала Л. Г. Корнилова). Кроме того, в сношениях с германской разведкой были заподозрены член столичного Совета от партии эсеров В. М. Чернов и его однопартиец М. А. Натансон

Работа КРО Петроградского военного округа также не способствовала снятию напряженности в отношениях столичных контрразведчиков с Петросоветом. После того, как Б. В. Никитин был назначен генерал-квартирмейстером штаба округа, а отделение возглавил судебный следователь А. М. Волькенштейн

В результате вмешательства Керенского Стеклова освободили из-под стражи, а Волькенштейна — от занимаемой должности, что лишь усилило противоречия между контрразведкой и Совдепом. Место главы окружного КРО занял Миронов, совмещавший с этого момента руководство сразу двумя военно-контрольными учреждениями.

Под его руководством отделение продолжило разработку дела большевиков, по-прежнему остававшихся одним из главных объектов деятельности спецслужб. Агентами контрразведки были добыты сведения о планах РСДРП(б) по проведению очередного выступления, о чем был незамедлительно проинформирован А. Ф. Керенский.