Грозный явно переоценил свои силы: монархия еще не располагала ни мощным государственным аппаратом, ни регулярной армией. Власти не могли длительное время проводить политику вопреки воле верхов господствующего класса. Опричные меры натолкнулись на их противодействие. Нарушилось правильное соотношение между монархией и правящим сословием. Авторитет монарха катастрофически упал. Перед лицом всеобщего недовольства Грозный вынужден был признать провал своей опричной затеи. Опальную знать продержали в ссылке немногим более года. Затем Иван IV круто изменил курс и объявил о прощении княжат. Ссыльные получили разрешение вернуться в Москву, где им стали возвращать земли.

Вопреки обычным представлениям опричная политика неоднократно меняла свои формы и направление. Сначала острие опричнины было направлено против княжеской знати, но затем она обрушила свои удары на головы дворян, приказных людей и горожан. Гонения против групп, составлявших традиционную опору централизованного государства, не имели смысла и оправданий. Террор ошеломил современников. Они писали о гибели десятков тысяч людей, запустении крупнейших городов. Факты, казалось бы, подтверждали их слова. После опричнины в России воцарились разруха и запустение. Реконструкция исчезнувшего опричного архива позволила уточнить картину. Оказалось, что террор совпал по времени с неслыханными стихийными бедствиями. Сотни тысяч русских людей умерли от голода и чумы. Около 4 тыс. жизней погубили царские опричники.

В начале XVII в. Россия испытала еще большие потрясения. Настало «смутное время».