Оппозиция чувствовала себя достаточно сильной, чтобы действовать в открытую. Во-первых, ее ходатайство преследовало верноподданнические цели: бояре старались не допустить пресечения законной династии и следовали воле Грозного. Во-вторых, они строго придерживались московских традиций, согласно которым бесплодие жены считалось достаточной причиной для развода. К этому поводу прибегнул Василий III, отправив в монастырь Соломониду Сабурову. Иван IV постриг двух своих жен под тем же предлогом. Выступление возглавил последний законный душеприказчик Грозного князь И. П. Шуйский, пользовавшийся громадной популярностью в стране. Хотя оппозиция действовала обдуманно, она тем не менее допустила роковой промах, сбросив со счетов слабоумного царя. Федор давно подчинился авторитету умной Ирины Годуновой и цепко держался за свою семью. Ходатайство чинов было отвергнуто.
Положение в столице оставалось неспокойным, и Годуновы не осмелились преследовать членов Боярской думы и вождей посада, возглавивших выступление земского совещания. Отвечать за неудавшуюся акцию пришлось духовенству.
Последовавшие за смертью Грозного распри в верхах ослабили светскую власть и выдвинули на авансцену церковь. Митрополит выступил с почином созыва «избирательного» собора, а затем короновал Федора в Успенском соборе. В последующие годы священный собор неоднократно решал совместно с Боярской думой важнейшие внешнеполитические вопросы. Так, 20 ноября 1585 г. царь «з Деонисьем митрополитом и со всем освященным собором приговорил и со всеми бояры, как ему… своим государевым и земским делом промышлять» и воевать со Швецией