Правителю удалось сравнительно легко справиться с церковной оппозицией. В памяти иерархов были живы громкие судебные процессы опричнины и свирепые расправы с митрополитом Филиппом, архиепископами Пименом и Леонидом, архимандритами Корнилием, Митрофаном и монахами. Священный собор не осмелился выступить в поддержку митрополита. 13 октября 1586 г. Дионисий был лишен сана, пострижен в монахи и заточен в Хутынский монастырь в Новгороде. Пост главы церкви занял Иов, ставленник Бориса Годунова. «Собеседник» и единомышленник Дионисия крутицкий архиепископ Варлаам Пушкин был заточен в новгородский Антоньев монастырь

Ввиду слабого здоровья и постоянных болезней Федора династический вопрос не сходил с повестки дня. Он стал камнем преткновения для правителя и бояр. Годунов вел династические переговоры с Габсбургами, его противники ориентировались на Речь Посполитую. Перспектива неизбежного пресечения московской династии побудила польскую дипломатию выдвинуть проект личной унии между Россией и Речью Посполитой. Домогательства польской короны получили поддержку со стороны влиятельной пропольской партии в Москве. Еще в 1584 г. в Варшаве стало известно, что среди московских бояр образовалось две партии: к одной принадлежал Н. Р. Юрьев, а к другой — князь Мстиславский, который был предан польскому королю

Русской знати импонировали политические порядки Речи Посполитой. Она была не прочь распространить их на Русь и ограничить самодержавную власть московских государей по примеру польских магнатов и дворян. В письмах папского нунция А. Поссевино и Батория тех лет можно встретить утверждение, что бояре и почти весь народ московский не желают терпеть деспотическое правление Бориса Годунова и ждут помощи от польского короля