Враг оказался гораздо опаснее, чем думали в Москве. Самозванец терпел поражение в открытом бою, но посланная против него многочисленная армия не могла изгнать его из пределов страны. Попытки представить Отрепьева юным негодяем, которого пьянство и воровство довели до монастыря, никого больше не могли убедить. Дипломатическая ложь рушилась сама собой. Патриаршие дьяки принуждены были более строго следовать фактам. Патриарх Иов известил паству о том, что Отрепьев «жил у Романовых во дворе и заворовался, [спасаясь] от смертные казни, постригся в черньцы и был по многим монастырям», позже служил у него, патриарха, «а после того сбежал в Литву с товарищами своими, с чюдовскими черницы»

Власти не настаивали на первоначальной версии, будто Отрепьева постригли из-за его безобразного поведения и восстания против родительской власти. Юшка заворовался, живя на дворе у Романовых. Как видно, патриарх умышленно не называл имени окольничего Михаила: он хотел бросить тень разом и на старших Романовых! Но подобные побуждения имели все же второстепенное значение. Царские опалы, казалось бы, навсегда покончили с могуществом Романовых: старший из братьев принял монашество и сидел под стражей в глухом монастыре, трое других погибли в ссылке. Никто не предвидел, что один из уцелевших сыновей Никитичей взойдет со временем на трон.

Посольский приказ старался скрыть от иноземцев определенную связь между пострижением Отрепьева и службой его опальным Романовым. Но уже в разъяснениях патриарха можно уловить намек на такую связь.

После смерти Годунова и гибели Лжедмитрия I царь Василий Шуйский произвел новое дознание по поводу самозванца. Его следователи имели одно важное преимущество перед Борисовыми. Они видели самозванца наяву. Новый царь опубликовал результаты расследования с большими подробностями, чем Борис. Его разъяснения при польском дворе отличались сдержанностью. Любые неточности могли быть легко опровергнуты в Кракове. Между тем самый вопрос о самозванце приобрел теперь государственное значение.