Перед кончиной Семен Гордый призвал наследников не слушать «лихих людей», а слушать «отца нашего владыки Олексея, такоже старых бояр, хто хотел отцю нашему добра и нам». Будущий митрополит Алексей Бяконтов и старые бояре Вельяминовы пользовались полным доверием князя Семена, но не его брата Ивана. После убийства боярина Хвоста Вельяминов с родней бежал через Рязань в Орду. В августе 1357 года в Сарай ездил митрополит Алексей, вероятно подготовивший почву для примирения с крамольными боярами. После его возвращения в Орду отправился Иван Красный с прочими князьями. После этого бежавшие бояре возвратились в Москву, но не сразу заняли прежнее положение при дворе.

Великий князь Иван Красный княжил недолго. Он простился с земной жизнью 13 ноября 1359 года, оставив трон малолетнему сыну Дмитрию. Правителем государства при Дмитрии стал митрополит Алексей. Такого мнения придерживались В. О. Ключевский, А. Е. Пресняков, М. Н. Тихомиров, Л. В. Черепнин. Опираясь на историографическую традицию, историк Л. Н. Гумилев заключил, что митрополит Алексей при помощи игумена Сергия воздвиг на Руси здание православной теократии. На чем основан такой вывод? Не является ли он историческим мифом?

Представление об Алексее как правителе Русского государства восходит прежде всего к соборному определению константинопольского патриарха (1380 год). В нем сказано, что великий князь Иван Иванович «перед смертью своей не только оставил на попечение этому митрополиту своего сына, нынешнего великого князя всея Руси Дмитрия, но и поручил управление и охрану всего княжества, не доверяя никому другому, ввиду множества врагов внешних… и внутренних, которые завидовали его власти и искали удобного времени захватить ее».