Приведенные в византийском документе сведения были записаны со слов находившегося в Константинополе русского посла и отражали версию митрополичьего дома. Однако эта версия лишена достоверности. Великий князь Семен, умирая, приказал членам семьи слушать владыку Алексея. В завещании Ивана Ивановича имя Алексея вообще не упоминалось, а своим душеприказчиком великий князь назвал «отца своего, владыку ростовского Игнатия». Да и не мог Иван Иванович вручить Алексею опеку над сыном по той причине, что митрополит в то время находился под стражей в Киеве и никто не мог знать, удастся ли ему вырваться из литовского плена.

Алексей стал ведущим церковным деятелем к концу правления Семена Гордого. Переход власти к удельному князю Ивану и мятеж старых бояр не способствовали укреплению позиций митрополита, как и последующий двухлетний плен. При князе Дмитрии Ивановиче митрополит Алексей вернул себе прежнее значение, но произошло это после того, как Вельяминовы и прочие старые бояре полностью восстановили свои позиции в правительстве. Боярин В. В. Вельяминов, в свое время организовавший расправу с А. Хвостом, получил чин московского тысяцкого и постарался закрепить свой успех с помощью брачных союзов. Он женил сына Микулу на княжне Марье Дмитриевне Суздальской, а великого князя Дмитрия — на ее сестре Евдокии Дмитриевне. Дмитрий мог бы составить себе лучшую партию, но бояре решили дело, исходя из собственных расчетов и выгод.

Известный историк С. Б. Веселовский назвал время Дмитрия Ивановича золотым веком боярства. Его слова ярко характеризуют положение, сложившееся в Москве в годы молодости князя. К концу его жизни ситуация изменилась, но не слишком значительно. Сохранилась летописная повесть о жизни Дмитрия Донского, живо описавшая его последние дни. Своим сыновьям великий князь будто бы советовал: «И боляры своя любите, честь им достойную воздавайте противу служению их, без совета их ничьто же не творите».