Один из крупнейших церковных деятелей XIV века митрополит Алексей происходил из московской боярской среды. Отец будущего митрополита Федор Бяконт служил в боярах у черниговских князей, но из-за татарских набегов вынужден был уехать в Северо-Восточную Русь. В то время самыми могущественными князьями на Северо-Востоке были тверской и переяславский князья. Бяконт поступил на службу ко двору московского князя Даниила Александровича — младшего сына Александра Невского — и преуспел на службе в крохотном уделе. По родословцам, при Иване Калите «за ним была Москва», — иначе говоря, он возглавлял московское ополчение — «тысячу» и как тысяцкий занимал одно из первых мест в думе. Сын Федора Бяконта Алферий, по преданию, был крестником Калиты и жил при его дворе до двадцати лет, когда принял пострижение под именем Алексея. Инок не помышлял об удалении в глухую пустынь, а остался в столице, обосновавшись в Богоявленском монастыре за Торгом, в Китай-городе, поблизости от Кремля. Московская знать покровительствовала Богоявленскому монастырю. Его ктиторами считались бояре Вельяминовы. Богоявленские иноки из постриженных бояр сохраняли тесные связи с великокняжеским двором и всегда были на виду. Алексей выделялся среди братии не только знатностью, но и незаурядными способностями. Митрополит Феогност удостоил его своим расположением и в 1340 году назначил наместником во Владимире. На плечи Алексея легло множество забот — судейство и другие дела, связанные с управлением митрополичьим домом.

В конце 1340-х годов московский князь Семен Иванович вместе с митрополитом направили в Константинополь послов, передавших патриарху крупную сумму денег на храм святой Софии. Главная цель посольства состояла в том, чтобы прозондировать почву относительно судьбы московской митрополии. Глава русской церкви грек Феогност достиг преклонных лет и много болел. Его преемником, по замыслам московских властей, должен был стать Алексей Бяконтов.