Весной 1353 года в Москве умер Феогност, а затем и князь Семен Гордый, погубленный чумой. Незадолго до кончины грек посвятил Алексея в сан епископа Владимирского. Алексей выехал в Орду, а оттуда был отпущен в Византию. 11 февраля 1354 года ханша Тайдула выдала ему подорожную грамоту на проезд в Константинополь. В столицу Византийской империи Алексей прибыл некоторое время спустя.

Константинополь был поглощен собственными заботами. Против императора Кантакузина выступила знать. Патриарх Каллист, принимавший русских послов несколькими годами ранее, открыто обвинил Кантакузина в присвоении денег, пожертвованных Москвой на церковь. Раздор и столкновения завершились тем, что Каллист вынужден был покинуть патриарший престол, а его место занял Филофей. Византийцы опасались, что смерть Семена Гордого вызовет междоусобицу. Поэтому они объявили о назначении Алексея митрополитом лишь после того, как брат князя Семена Иван Иванович Красный вернулся с ярлыком из Орды и занял великокняжеский престол во Владимире.

Согласившись поставить на Киевскую митрополию русского человека, Филофей постарался всеми мерами упрочить зависимость обширной и многолюдной епархии Киевской и всея Руси от византийской церкви и властей. Патриаршая «настольная» грамота предписывала Алексею приезжать в Константинополь каждые два года или, по крайней мере, присылать за инструкциями надежных иерархов.

Алексей встал у кормила церкви в трудное для Москвы время. Московские государи принуждены были вступить в борьбу с новым сильным противником — Литовским великим княжеством. После Батыевой рати Литва не подчинилась Орде и, сохранив независимость, стала ядром обширного Литовско-Русского государства. Литовские князья придерживались язычества. В глазах русского населения они были иноверцами. Однако в условиях татарского нашествия это не имело большого значения.