Преемник Ивана IV царь Федор в первый же год своей деятельности, 11 августа 1584 года, освобождает монастырские угодья, состоявшие из 40 обж земли,
Особой грамотой подтверждалось ранее дарованное монастырю право на беспошлинную торговлю солью и беспошлинную закупку на «монастырский обиход» хлеба и «иного всякого запаса».
Специально «на подмогу строения крепости» в 1585 году монастырю пожаловали в вечное владение вторую половину Сумской волости (первую половину подарила Марфа-посадница) со всеми деревнями, лугами, угодьями, соляными варницами и прочими службами. Таким же путем и в то же время монастырю досталась часть волости Умбы с дворами, амбарами, мельницами, соляными варницами, рыбными и звериными ловлями, лесами, пожнями, морскими тонями и «лешими» озерами.
Две интересные грамоты, непосредственно связанные с военными обязанностями монастыря, как оплота государства на Севере, и его практической деятельностью в этой области были изданы в 1590 году. По первой из них (от 15 мая) монастырю дарились Нюхоцкая и Унежемская волости в Новгородском уезде. Вторая (от 2 июня) предоставляла духовному феодалу право беспошлинного провоза соли по Двине и передавала ему сбор налогов, податей, пошлин в вотчинных владениях, а также заменяла многие местные таможенные сборы единым 100-рублевым взносом, уплачиваемым в Москве.
В особую заслугу монастырю ставилось то, что он обзавелся артиллерией («наряд» имеет), приобрел ядра и зелье, чем снял часть забот с правительства: «да они ж де и в городе в остроге к нашему наряду и к зельям в прибавку держат монастырскою казною наряд, пушки и пищали, ядра и зелье, и иной всякий городской запас». Кроме того, отмечалось, что монастырь создал и содержит почтовые станции, ямы, организует службу связи во всем Поморье.