На содержание младшего Романова была израсходована крупная для того времени сумма в 100 руб. Несмотря на все это, некоторые ссыльные, включая Василия Романова, погибли в местах заточения. Современники подозревали, что их казнили по тайному приказу Бориса Годунова. Близкий к Романовым летописец рассказывал о гибели ссыльных, следуя одной и той же несложной схеме: стрелецкий голова Леонтий Лодыженский, будучи приставом у боярина Александра Романова, удушил своего пленника по воле Бориса, Тимоха Грязной «удавиша» боярина Сицкого с женой, Роман Тушин «удавиша» окольничего Михаила Романова, приставы Смирной Маматов и Иван Некрасов «удавиша» Василия Романова и пр.

Подлинные причины гибели ссыльных были, по-видимому, иными. Розыск об измене Романовых продолжался не менее полугода. Арест и ожидание казни могли сломить даже крепких физически людей. По некоторым сведениям, Романовых и их племянника князя Ивана Черкасского не раз приводили к пытке. Утратив разом высокое положение, власть, земли, некоторые из этих людей оказались на краю гибели, не покидая Москвы.

Первыми жертвами царского гнева стали опальные, принадлежавшие к старшему поколению. Боярин князь Ф. Шестунов умер в Москве «у себя на дворе в опале» еще до того, как Никитичей постигла «напасть», т. е. арест и ссылка.

«Новый летописец» именовал пристава Смирнова Маматова не иначе как «окаянным» и приписывал ему тайную расправу с Василием Романовым. В действительности Маматов был приставом у Ивана Романова. Последний был человеком больным, несмотря на свою молодость (он болел «старой» болезнью: рукой не владел и на ногу немного прихрамывал). И все же Маматов сумел доставить его в Сибирь живым. Что касается Василия Романова, то его Маматов принял от другого пристава Ивана Некрасова в Пелыме «больна, токо чють жива».

В источниках путь Василия Романова в Сибирь описан в подробностях. Стрелецкий сотник Некрасов получил наказ вести его «бережно, чтоб он с дороги не ушел и лиха никакого над собою не сделал».