Приставу вручили железные кандалы, предоставив ему право использовать их в случае надобности. Пока арестованного везли в струге по Волге, он пользовался некоторыми послаблениями. Однако Романов, по словам пристава, как-то выкрал у него ключ от цепи и бросил его в Волгу. Опасаясь побега, Некрасов тотчас заковал колодника в цепь. В мае 1601 г. Романов благополучно добрался до Яранска, где пробыл шесть недель. После передышки ссыльного отправили дальше в Сибирь. Две с половиной недели пристав и арестант шли пешком, «только на подводах везли запасишко свое». На переходах пристав снимал с опального цепи, а на ночь снова ковал в железа. Наступила глубокая осень, ударили морозы. В таких условиях пришлось преодолеть уральские горные перевалы. Не выдержав трудного пути, Василий разболелся, и Некрасову пришлось везти его в санях «простого» (без цепей). Трудное путешествие продолжалось почти 4 месяца.

Власти позволили Василию жить в одних хоромах с братом Иваном Романовым. На всякий случай приставы приковали братьев на цепь в разных углах избы, тут же послав донесение в Москву. В ответ дьяки составили черновой наказ с повелением расковать Ивана и Василия и позволить им «в избе и во дворе ходить по своей воле». В беловом варианте последние слова были вычеркнуты и заменены приказом беречь Романовых крепко, чтобы они «з двора не ходили».

В марте 1602 г. Борис, узнав о смерти Василия Никитича, велел перевезти Ивана Романова из Сибири в Уфу.

Обширная переписка между московскими властями и приставами обнаруживает подлинные причины гибели ссыльных. Опальных везли за тысячи верст в Сибирь, либо на берег Студеного моря по бездорожью, нередко в тяжких цепях. Приходится удивляться не гибели осужденных «изменников», а тому, что некоторые из них уцелели.

Смерть нескольких ссыльных произвела тягостное впечатление в столичных кругах, напомнив боярам о временах Грозного. Власти пытались исправить положение. К лету 1602 г. Борис окончательно оправился от болезни. Кризис утратил остроту. В таких условиях Годунов счел возможным освободить из ссылки уцелевших «изменников», а затем объявил об их возвращении на государеву службу. Подобное решение имело свой политический смысл. Годунов желал убедить страну в том, что его раздор с влиятельными боярскими семьями на этом закончен.