Самую верхнюю ступень московской иерархии занимали удельные князья, но влияние их на политическую структуру неуклонно падало на протяжении XVI века. Процесс централизации государства беспощадно уничтожил самые крупные из удельных княжеств.

Короткое междуцарствие, последовавшее за смертью царя Федора, вызвало всплеск аристократической реакции. Борис Годунов должен был осознать, что будущее основанной им династии зависит в значительной мере от поддержки Боярской думы. Поэтому он не жалел усилий на то, чтобы заручиться поддержкой аристократии. Его меры призваны были убедить боярские верхи в том, что утверждение новой династии не внесет изменений в сложившуюся систему местничества, гарантировавшую знати первые. места в думе и армии.

Борис сохранил пост главы Боярской думы за удельным князем Ф. И. Мстиславским. Дворяне — князья А. В. Трубецкой, Б. К. Черкасский, В. К. Черкасский числились в списке «князей служилых» при дворе царя Федора. В годуновской думе они заседали как бояре. Однако двое удельных владетелей — царь Симеон Бекбулатович Тверской и князь Иван Воротынский оставались не у дел. Годунов пожаловал в бояре служилого князя Степана Волошского.

Грозный казнил покорителя Казани князя А. Б. Горбатого Суздальского, едва ли не самого крупного из военачальников XVI в. Борис Годунов приказал тайно умертвить виднейшего воеводу князя И. П. Шуйского, героя псковской обороны. Однако несмотря на предыдущие опалы суздальские князья заняли самое высокое положение в думе Годунова. Боярский чин имели князья Василий, Дмитрий, Александр и Иван Шуйские.

Опричнина Ивана Грозного нанесла ощутимый удар младшей суздальской знати. Ростовские и Стародубские князья надолго были изгнаны из Боярской думы. Все это нарушило устоявшуюся систему местнических отношений. Назначения, проведенные Годуновым, должны были в известной мере восстановить положение, существовавшее до опричнины. Борис пожаловал в бояре князя М. П. Катырева-Ростовского, в окольничие — князя Д. И. Хилкова. Князь П. И. Буйносов-Ростовский стал думным дворянином, а позже боярином.