Вернувшиеся в думу князья обладали блестящим родословием, но чтобы вернуть себе прежнее значение они неизбежно должны были вступить в борьбу с преуспевшей на службе знатью. Получив боярство, князь Катырев возобновил давнюю тяжбу с Мстиславским.

Стремясь создать возможно более широкую опору своему трону, царь Борис не побоялся ввести в думу некоторых влиятельных лиц из числа своих давних противников. При нем чин боярина носил князь А. П. Куракин, немало повредивший Годуновым при царе Федоре и поплатившийся за то долгой ссылкой.

Описывая политику Бориса, некоторые писатели и мемуаристы утверждали, будто он всеми силами стремился унизить и истребить знать. Данные о назначениях в Боярскую думу не подтверждают их слов. При Борисе княжеская аристократия, казалось, вновь обрела влияние в думе, которым пользовалась до опричнины.

Жалуя знать, Борис одновременно старался укрепить в думе позиции своей родни. Его дядя Дмитрий Иванович Годунов получил титул конюшего — старшего боярина думы, боярин Степан Васильевич Годунов занял пост главы Большого дворца. В разное время в качестве бояр в думе царя Бориса заседали Иван Васильевич Семен Никитич и Матвей Михайлович, в качестве окольничих — Никита Васильевич, Степан Степанович, Иван Иванович и Петр Васильевич Годуновы.

Старомосковская знать была представлена в думе значительно менее полно, чем высшая титулованная аристократия. Наибольших успехов на службе у Бориса добились Морозовы и Басмановы-Плещеевы,

Годунов заботился о воинском чине. Но он был далек от того, чтобы распахнуть двери Боярской думы перед представителями дворянства. Думные дворяне не вернули себе того влияния, которым они пользовались при Грозном.