Видными членами старой опричной думы были любимец Грозного Богдан Яковлевич Бельский и Игнатий Петрович Татищев. Даже Иван IV не решился дать высший думный чин Б. Я. Бельскому из-за его редкого худородства. Однако Бельский был двоюродным братом царицы Марии Скуратовой-Годуновой и по этой причине получил от родни чин окольничего. Борис пытался привлечь его на свою сторону, хотя постоянно опасался интриг с его стороны.

И. П. Татищев был произведен в казначеи, а его сын М. И. Татищев стал думным дворянином. Членами курии думных дворян стали также выдвинувшийся в опричнине Е. М. Пушкин, а позже его брат И. М. Большой Пушкин. В самом конце царствования Бориса чин думного дворянина получили В. Б. Сукин и А. М. Воейков, влияние которых на дела было невелико.

Бывшие сподвижники Годуновых по опричнине рассчитывали на то, что утверждение новой династии перевернет вверх дном устоявшуюся систему местнических отношений, но их надежды не оправдались. Когда Пушкины дерзко заместничали с «великими» Морозовыми-Салтыковыми, их сразу одернули и наказали.

Писатели Смутного времени утверждали, будто царь Борис подвергал гонениям высокородную знать, грабил имущество вельмож и бояр.

Годунов получил трон вопреки воле боярских верхов, и потому поводов к раздору и взаимным подозрениям было более чем достаточно. Многие аристократические семьи, открыто боровшиеся за власть либо тайно помышлявшие о короне, не считали свое дело окончательно проигранным. Особые надежды они возлагали на недолговечность Бориса, удрученного старостью и болезнями. Борис был прекрасно осведомлен насчет замыслов своих недругов. Принимая присягу от подданных, он обязал их клятвой на кресте «царя, царицу и детей их на следу никаким ведовским мечтанием не испортить, ведовством по ветру никакого лиха не посылать», «людей своих с ведовством, со всяким лихим зельем и кореньем не посылать, ведунов и ведуней не добывать на государское лихо».

Как правило, власти не располагали серьезными уликами, доказывавшими боярскую «измену». Поэтому арестованных чаще всего обвиняли в дурных замыслах и попытках причинить царской семье «лихо» с помощью колдунов и волшебных кореньев. Политические преследования неизбежно приобретали мистифицированную форму «колдовских» процессов. Типичным в этом отношении был процесс Шуйских.