Возглавив Комиссариат, Й.Вагнер в разрез с политикой ведущего финансиста Я.Шахта сразу выпустил указ о замораживании цен, что вызвала ярость Гитлера. Гауляйтер и дальше проявлял необычное своеволие: противился усилению М.Бормана в партии и осуждал захваты в Европе. Будучи статс-секретарем в имперском правительстве, он тормозил гибкую церковную политику в своих гау, придерживаясь традиционных /«консервативных», по выражению национал-социалистов/, воззрений на роль церкви. Глава Имперской службы безопасности /СД/ Р.Гейдрих, сам слывший свободомыслящим, говорил в 1936г.: «В церковных одеждах политическое проникновение пропитывает все стороны жизни нашего народа… Таким образом вносят недоверие и сомнения в объединенную фюрером общность народа и пытаются посеять раздор между партией и государством».
В начале 1941г. Й.Вагнера отстранили от руководства гау Силезия за защиту польской интеллигенции, оставив гауляйтером Южной Вестфалии, а в ноябре фюрер приказал председателю партийного суда Вальтеру Буху начать дело об исключении Вагнера из партии. Однако суд большинством голосов оправдал гауляйтера /!/. Он остался в партии, но Гитлер не подписал решения суда, и оно не вступило в силу.
После ряда эпизодов, показавших определенную независимость юстиции, фюрер принял крутые меры в сфере права. В середине 1942г. он назначил министром юстиции фанатичного национал-социалиста Отто Тирака. Теперь юристы открыто говорили между собой об «управляемой юстиции» в Рейхе. В парламентской речи Гитлер сказал: «Я ожидаю, что нация даст мне право немедленно вмешиваться везде и соответственным образом действовать там, где нарушается принцип безусловного выполнения великих задач, решающих вопрос – быть или не быть. Фронт, родина, транспорт, управление и юстиция должны иметь только одно понимание – завоевание победы. В это время никто не может кичиться своими правами, но знать, что сегодня существует только долг. Поэтому я прошу германский рейхстаг дать мне установленное законом право заставлять исполнять свой долг каждого, в противном случае –лишать должности без права возвращения, кто бы он ни был и какими правами ни обладал… В это суровое время не может быть самодостаточного явления с благоприобретенными правами, наоборот, все мы лишь послушные слуги нашего народа».