В целом разведывательная работа Алексея Фроловича в Финляндии в определенной степени помогла советскому правительству при проведении важных мероприятий по Балтийскому флоту, прежде всего по перебазированию кораблей из Гельсингфорса и Ревеля в Кронштадт в феврале-мае 1918 года, получившему название «Ледовый переход». Его информация способствовала наведению относительного порядка в гарнизонах российских войск в этой стране, а также использовалась при последующем их перебазировании в Россию.
В марте 1918 года Филиппов возвратился в Петроград, а затем переехал в Москву и был зачислен официальным сотрудником в штаты ВЧК. Сначала он работал в отделе по борьбе со спекуляцией и преступлениями по должности, а позднее был прикомандирован к Президиуму ВЧК для выполнения личных поручений Дзержинского. В это время Филиппов провел расследование ряда дел, связанных с хищениями и саботажем, в том числе, крупного дела по Русско-Балтийскому заводу. Для расследования этого дела он был наделен широкими полномочиями по проверке всей документации предприятия. Об этом, в частности, свидетельствуют имеющиеся в Кабинете истории внешней разведки выданные Филиппову письмо общей канцелярии ВЧК и соответствующее удостоверение, которые подписал Дзержинский.
Расследование по Русско-Балтийскому заводу велось продолжительное время и сопровождалось частыми командировками Филиппова в Таганрог, Петроград и другие города. В результате проведенной чекистами работы удалось выявить злоупотребления со стороны отдельных отвественных чиновников, работавших на этом и смежных с ним предприятиях, установить истинное экономическое положение предприятия, что в конечном счете способствовало становлению промышленности Советской Республики.