Свои обязанности сотрудника при Президиуме ВЧК Филиппов выполнял добросовестно, с присущей ему энергией. Однако вскоре после левоэсеровского мятежа в июле 1918 года он был арестован Петроградской ЧК по подозрению в причастности к монархической организации. Председатель Петроградской ЧК М. С. Урицкий распорядился арестовать Алексея Фроловича и под конвоем доставить его в знаменитую петроградскую тюрьму Кресты.
Сразу же после ареста А. Ф. Филиппов обратился к Ф. Э. Дзержинскому с письменной просьбой «объективно вникнуть в его положение и вскрыть причину недоразумения, которое с ним произошло».
30 июля 1918 года Дзержинский направил в Петроградскую ЧК письмо следующего содержания:
«Тов. Урицкому.
Дорогой товарищ! Ко мне обратился А.Ф.Филиппов с просьбой вникнуть в его положение, что сидит совершенно зря. Не буду распространяться, пишу Вам потому, что считаю сделать это своей обязанностью по отношению к нему как к сотруднику Комиссии. Просил бы Вас только уведомить меня, в чем именно он обвиняется. С приветом Ф.Дзержинский».
В ходе следствия выяснилось, что Филиппов никакого отношения к монархическим организациям не имел. Дело против него было возбуждено по доносу одного из сотрудников Петроградской ЧК, левого эсера, политическую платформу которых Филиппов не разделял и открыто осуждал.
3 сентября 1918 года А. Ф. Филиппов был освобожден из-под стражи. В его следственном деле появилась запись: «К предъявляемым А. Ф. Филиппову обвинениям он никакого отношения не имеет. На основании изложенного настоящее дело считаем законченным и подлежащим хранению в архиве Комиссии».