Несмотря на все официальные заявления советского правительства о дружественных отношениях с Германией, Военный совет КБФ действовал достаточно предусмотрительно, правда, заручившись официальным согласием наркома ВМФ. В частности, Отряд легких сил и два дивизиона подводных лодок 1-й бригады с их плавучими базами, «Смольный» и «Иртыш», переводятся из Лиепаи в Усть-Двинск, а ремонтирующийся там же минный заградитель «Марти» срочно отбуксировали в Таллин. В начале мая в устье Финского залива, Ирбенском проливе, у Лиепаи и на подходах к проливу Соэлозунд выставили корабельные дозоры. Кроме того, авиация ежедневно просматривала по несколько раз прибрежные районы, среднюю часть Балтийского моря, Данцигскую бухту и Ботнический залив. В мае и июне проверили боевую готовность к боевым действиям Лиепайской ВМБ и 1-й бригады подводных лодок, а также провели тактическое учение по обороне базы совместными силами Лиепайской ВМБ и 67-й стрелковой дивизии. По согласованию с наркомом ВМФ Военный совет КБФ 19 июня 1941 г. ввел по флоту оперативную готовность № 2
Дислокация сил и действия Краснознаменного Балтийского флота с 22 июня по 10 июля 1941 г.
Теперь посмотрим, кто противостоял Краснознаменному Балтийскому флоту. В директиве Гитлера № 21 (план «Барбаросса») предусматривалось уничтожение его корабельного состава путем захвата ВМБ сухопутными силами во взаимодействии с авиацией и при поддержке легких сил флота. Только в самый последний момент, когда советские корабли, потеряв базы, станут небоеспособными и предпримут попытку прорыва в нейтральные порты, предполагалось привлечь основные силы германского флота.